惠远文庙是清朝政府收复伊犁后，于光绪年间建造惠远新城后兴建的。由于惠远文庙在重新修建时期，已经是清朝后期，国力极度衰微，基本上没有更多的财力大兴土木，因此呈现在我们眼前的文庙仅仅是一进院落。
中国历代封建帝王都认为，“神之忠义浩气，充塞于宇宙之间，如日月之经天，江河之行地，无乎往而不在也”。帝王文治武功的播于四野，统一寰宇，无不是由于上天诸神的佑护。因此，历朝历代，上自帝王，下至臣僚，都把祭祀诸神作为自己的一项重要工作来做。清朝政府也不例外。清朝政府认为，清军之所以能够迅速平定叛乱，就是因为有众多神灵的保佑。因此，清军平定新疆后，就在各地修建大量的坛庙，并指定名山大川作为祭祀对象，以顺“天意”。根据史料记载，当时几乎每座城市都建有数量不等，性质不同的祭祀坛庙和指定的供祭山川。
惠远作为当时新疆的政治、军事、文化中心，无论其坛庙数量，还是种类都是全疆之冠。当时，惠远城的坛庙有：万寿宫、关帝庙、八蜡庙、刘孟将军庙、火神庙、老君庙、城隍庙(司聪明正直)、龙王庙、风神庙、社稷坛 (社以报功，稷以祈谷)、先农坛、文昌宫、文昌阁、真武庙、魁星阁、祠堂、节孝祠、喇嘛寺(初名兴教寺，后称普化寺。先建于绥定城，后迁移到惠远城)各一座。
当时惠远的各类祭祀活动都是非常严肃而隆重的，如今的惠远文庙只有一进院落的小四合院有正门、东西厢房、正堂。分别布展为文殊菩萨殿、文昌殿、孔圣殿、罗汉堂。
